Au cours des missions scientifiques de la première moitié du 20ème siècle, des observations météorologiques sont pratiquées en mer. Les débarquement à Crozet sont en revanche de courte durée et ne donnent pas lieu à de nombreuses mesures, malgré le passage de l'inspecteur général Thomas sur le Bougainville en 1939 et celui de l'ingénieur des Travaux de la Météo Raymond Jalu sur l'aviso La Pérouse en 1949. Une première station météorologique est installée au cours de la première mission à l'été austral 1961-1962. A partir de février 1963, la station a fonctionné sur le site de la nouvelle Base Alfred Faure. Une nouvelle station a été opérationnelle de 1969 à 1980, et la station actuelle a été mise en place en 1973 à 142 mètres d'altitude à la position 46°26' S, 51°52' E. Elle a été légèrement déplacée le 4 septemre 1984 et se trouve à présent à une altitude de 143 mètres. De 1962 à 1994, les stations ont fonctionné de manière continue, avec une présence permanente de personnel sur la base. Olivier Gourdonneau et Sylvain Le Moal ont ainsi formé la dernière équipé météo. Depuis 1995, les informations météorologiques sont effectuées par une station automatique et transmises par le satellite METEOSAT. Les Iles Crozet sont balayées par des vents dominants de secteur ouest à nord-ouest, souvent extrêmement violents sous forme de redoutables tempêtes interdisant pendant plusieurs jours consécutifs l'accès de l'archipel. Ces îles sont en effet situées dans les parages de cyclogenèses actives se développant fréquemment entre cet archipel et l'Ile Marion située plus à l'ouest, et cela en raison de forts contrastes existant entre des courants océaniques d'origine différente. La pluviométrie annuelle sur la Base Alfred Faure (environ 2500 mm) est significative de la vigueur de ces perturbations quand on sait que la station est située sous le vent d'une crête montagneuse. La nébulosité annuelle est forte, les nombreux brouillards observés s'expliquent par les nuages bas qui accrochent souvent la station dont l'altitude est de 143 mètres La température moyenne annuelle est d'environ 5°C. Les saisons existent, mais sont peu marquées ; au bord de la mer, la température se maintient toute l'année entre -5°C et +15°C. Les extrêmes absolus enregistrés sont de l'ordre de -5,5°C et +23,0°C.
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