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Les envahisseurs
Cochons, chèvres, lapins
Au cours des campagnes de chasse, les phoquiers séjournent plusieurs mois sur les îles de l'archipel. Afin d'améliorer leur ordinaire, ou pour disposer de ressources alimentaires en cas de naufrage, différentes espèces animales sont introduites sur les îles : lapins, chèvres, cochons. Ces derniers donnent son nom à l'île aux Cochons, mais présentent rapidement un certain danger car retournés à l'état sauvage. Se nourrissant notamment de manchots, leur chair prend un goût désagréable, et les phoquiers finissent par les exterminer.
Rats et chats menacent les oiseaux
Passagers clandestins, les rats et les souris présents à bord des navires colonisent également les îles de l'archipel. A proximité des campements humains, de chats sont parfois introduits pour les chasser. Si l'impact des souris est relativement négligeable, celui des rats et des chats est notable. S'adaptant à ce nouveau milieu, ils exercent une prédation importante sur les petites espèces de pétrels nichant en terrier, sur les oeufs et et les jeunes oiseaux. Plusieurs espèces ont ainsi disparues de îles colonisées.
Insectes et graines
Voyageurs invisibles, plusieurs insectes et des espèces végétales accompagnent également les hommes, et s'adaptent au milieu subantarctique. Là encore, cette adaptation se fait parfois au détriment de la micro-faune et de la flore locale. Actuellement, le réchauffement climatique accentue encore l'invasion des espèces tempérées qui voient leur adaptation facilitée.
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